诺贝尔生理学或医学奖获得者Thomas C. Sudhof教授曾表示， “我们可以把疾病进行控制，干细胞是一个非常好的治疗方法，在传统医学治疗无法解决的问题上，干细胞研究将带来新的希望。” 柳叶刀旗下杂志 《Eclinical Medicine》的一篇文章，总结了2012年至2019年的间充质干细胞临床随机试验，结果证实了间充质干细胞的安全性。
作者检索了Cochrane Central Register of Controlled Trials、MEDLINE、EMBASE等来源的随机临床试验信息，探究间充质干细胞在随机临床试验中的几大可能的不良反应，其中包括： 其中作者曾经在2012年的时候总结在此日期之前的间充质干细胞的临床不良反应，一共包括了8个随机临床的试验，369例病人，确定了发热是唯一与MSC治疗相关的不良事件。 这次的研究也再次增加了47项随机临床研究（从4914个研究中筛选出来），共计有55个随机临床的研究，包含了2696例病人，是之前研究的升级版。 在研究之中有心血管疾病、神经系统疾病、肾脏疾病、肝脏疾病、呼吸系统疾病、内分泌疾病、血液/肿瘤恶性肿瘤、免疫缺陷或炎症疾病状态的。细胞来源包括了骨髓、脐带、脂肪等。 在经过了综合的分析，MSC组发热的风险显著高于对照组（但较2012年总结时有所降低），MSC组表现出发生血栓/血栓栓塞事件的风险与对照组相比没有显著的增加，MSC组死亡风险明显要低于对照组，与对照组相比较的情况下，MSC组发生恶性肿瘤或者异位组织形成风险无明显的增加。 在亚组分析中，MSC组在神经与免疫/炎症的人群当中，回输异体骨髓、脐带或者新鲜MSCs，以及MSC培养基为非人源（或不清楚）的时候，急性的输血毒性风险增加。MSC组在三组临床人群(心血管疾病、神经系统疾病和肝病)中死亡的风险有明显降低。 最后认为：MSC治疗与无发热急性输注毒性、感染或者恶性肿瘤发展之间没有任何的联系，也没有发现MSC治疗与血栓的发展之间的联系。但MSC治疗与发烧依然有较大的联系，在19个随机临床的试验当中，总计有880例报告发烧的患者，只有6例报告病情严重。审查结果可以为研究人员、临床医生、监管者、病人和家属提供额外的保证，即MSCs的使用是安全可靠的。 文章也提出了，随着间充质干细胞来源的多样性（譬如胚胎或者IPS）以及新的二代间充质干细胞，研究还在继续。
最近体外与临床数据的发现，MSCs可以表达或者增加与凝血相关的蛋白质(例如组织因子、凝血酶抗凝血酶复合物)与血栓形成的报道。根据临床的不同，潜在的促凝作用可能会导致有益或有害的临床效应。
本篇的文章之中，也纳入了血栓事件作为预先规定的不良事件，研究没有发现重大的关联，这些事件很可能也是罕见的，因此鼓励研究人员未来能够积极监测与报告有关方面的不良事件。
最新的一篇发表在《Stem Cell Research&Therapy》 的荟萃分析，回顾了过去15年的间充质干细胞临床试验，确定了间充质干细胞给药相关的所有治疗相关不良事件，并探讨间充质干细胞在临床应用中的安全性，结论显示：长达15年，3546名患者，62项临床研究结果证实间充质干细胞临床安全！ 所有研究中只有2项研究是前瞻性的非随机试验，其余的是随机对照试验(RCT),范围从临床试验1/2期到3期。 其中临床试验数量亚洲排名第一，研究数量最多。其次是北美和欧洲。这些研究中使用的间充质干细胞主要分离自骨髓、脂肪组织和脐带。注射剂量范围为4×10^7到1.2×10^9细胞。随访时间从6个月到2年。发现MSC给药与主要不良事件没有密切关系，如血管疾病，荨麻疹/皮炎，中枢神经系统疾病，腹泻，死亡或感染。分析表明，MSC治疗可能会引起患者48小时内可能出现短暂发热。同时，MSC注射也可能在给药部位引起不良事件。关于其他轻微不良事件，间充质干细胞可能与失眠相关，便秘和疲劳相关。而与贫血、代谢和营养障碍、恶心、癫痫发作和呕吐则无关。 总之，现已完成的多项临床研究证实MSC给药与短暂发热和给药部位不良事件有很强的相关性，与其他不良反应无关。 随着技术的不断进步，干细胞的安全性得到了极大的保障。研究表明，在一定的条件下，同时，通过使用免疫抑制剂等方法，可以降低干细胞移植后的免疫排斥反应。
